"No sé quiénes son los inspiradores (del crimen), ni si los hay", declaró el líder ruso en una amplia videoconferencia online.
Aseguró que la investigación permitirá esclarecer estas circunstancias.
El líder ruso elogió el trabajo de los cuerpos de seguridad que "en cuestión de horas" lograron establecer a los autores materiales.
Putin destacó que "la oposición puede y debe participar de manera legal en la vida política" del país.
Borís Nemtsov, que desempeñó varios altos cargos en el Gobierno ruso a finales de los noventa y luego pasó a la oposición, fue tiroteado en el centro de Moscú la noche del 27 de febrero.
La instrucción estudia varias versiones del crimen, incluido el asesinato por encargo.
El 8 de marzo fueron arrestadas cinco personas, incluido el presunto ejecutor, el exmilitar checheno Zaur Dadáev.