Este templo sintoísta es señalado por los países que sufrieron las agresiones japonesas durante el siglo pasado como el epítome de su militarismo.
En él están representadas las almas de los soldados japoneses caídos en combate, incluidos 14 criminales de guerra de clase A por tribunales internacionales.
"Japón debería mirar con honradez y seriedad a sus pasadas agresiones militares y reflejarlo así, separándose completamente de aquel militarismo y esforzarse para mejorar la confianza mutua y conseguir la reconciliación con los países vecinos de Asia", ha dicho en un comunicado la portavoz del Ministerio de Exteriores, Hua Chunying.
Akie Abe, esposa del primer ministro, había visitado el templo el martes y colgó varias fotografías en su cuenta de Facebook.
"Mis sentimientos hacia Yasukuni son diferenes después de haber visitado Chiran", escribió en referencia a una base de kamikazes.
Abe, un asiduo de Yasukuni en el pasado, ha evitado pisarlo en los últimos años para no complicar más las relaciones con China.
Varios miembros de su Gobierno lo visitaron esta semana, cuando se cumplía el 70 aniversario de la rendición japonesa.
Tanto China como Corea del Sur juzgaron como insuficientes las disculpas que ofreció Abe en el discurso del aniversario.
El primer ministro secundó las declaraciones de sus antecesores en el cargo, pero advirtió que las siguientes generaciones de japoneses no deberían cargar con el peso de las disculpas.