"Eric trae a esta nueva función muchos años de experiencia probada y un liderazgo excepcional", declaró Obama, citado por el rotativo.
El presidente agregó que espera con interés "trabajar con Eric para mantener a nuestro Ejército como el mejor del mundo".
Fanning tiene una trayectoria de más de 25 años como especialista en asuntos de defensa y seguridad nacional en el Congreso y el Pentágono.
Ocupa el cargo de subsecretario del Ejército desde junio de este año y actualmente es uno de los asesores más cercanos del secretario de Defensa, Ashton Carter.
Anteriormente se desempeñó como subsecretario de la Fuerza Aérea, subsecretario adjunto y subdirector de gestión de la Marina.
El actual secretario del Ejército, John McHugh, anunció en junio que renunciaría el 1 de noviembre.
Obama ha revisado las políticas internas para proporcionar beneficios a las parejas del mismo sexo y nombró a homosexuales para ocupar cargos en el Poder Ejecutivo y en la justicia federal.
Además, al derogar en 2010 la política de "Do not Ask, Do not Tell" ("No preguntes, no digas"), Obama puso fin a una prohibición de 18 años para que los gays sirvieran abiertamente en el Ejército.