La bomba, una pipeta de gas cargada de explosivos, fue lanzada el 2 de mayo de 2002 desde una orilla del río Atrato por guerrilleros de las FARC (Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia), contra un grupo de paramilitares que se habían parapetado detrás de la iglesia de la aldea de Bellavista, cabecera del municipio de Bojayá, en el Chocó.
La pipeta falló el blanco, algo muy común con esos explosivos improvisados, y cayó en el altar.
Murieron 119 personas, 44 niños entre ellas, y 98 resultaron heridas.
Había unas nueve o 10 mujeres embarazadas entre las víctimas; algunos de los fetos fueron hallados pegados a los muros de la iglesia, según recordaría años más tarde el párroco de Bellavista, Antún Ramos.
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Fue un crimen de guerra largamente anunciado: los paramilitares de las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC) remontaron en el mes de abril el río Atrato, sin que se lo impidieran los muchos puestos de control militar apostados en la zona, y se instalaron en torno a Bellavista, en medio de una zona que venían a disputarle a las FARC.
Pero la fuerza pública no llegó a la zona hasta el 8 de mayo, cuando ya habían ocurrido la masacre, los combates y el desplazamiento masivo de miles de personas.
Con la denuncia de ese crimen en la mano, el entonces presidente colombiano Andrés Pastrana (1998-2002) reclamó a la UE que incluyera a las FARC en su lista de grupos terroristas en la que ya estaban las ultraderechistas AUC.
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El pedido de Pastrana se realizó en Madrid, durante una cumbre birregional UE-América Latina y el Caribe celebrada el 17 de mayo.
El mandatario colombiano contó con el apoyo del entonces presidente del Gobierno español, José María Aznar (1996-2004), que ejercía la presidencia temporal de la UE.
La cumbre madrileña terminó con una declaración de condena al terrorismo.
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La lista de organizaciones terroristas de la UE, que se había actualizado el mismo 2 de mayo de la masacre, fue nuevamente modificada un mes después, el 6 de junio de 2002, para incluir a las FARC, por decisión de los entonces 15 cancilleres del bloque europeo.
La puerta se cerró y solo volvió a abrirse a fines de 2011, cuando el Gobierno de Juan Manuel Santos inició contactos secretos con la cúpula de las FARC para establecer diálogos que concluyeron en noviembre del año pasado, con la firma de un acuerdo de paz.
Terminado el desarme y convertida la FARC en partido político, la UE dejó de considerarla una organización terrorista.