En un escrito presentado a la Audiencia Nacional, donde este 16 de abril Trapero ha acudido a recoger la notificación que le imputa los delitos de "rebelión" y "organización criminal", el que fue responsable de la Policía catalana hasta su cese sostiene que mantuvo dos encuentros con el expresidente catalán, Carles Puigdemont, y su vicepresidente, Oriol Junqueras, en los que les trasladó su "preocupación" por la convocatoria del referéndum.
Además, remarcó que el cuerpo no compartía el "proyecto independentista" del Ejecutivo catalán y expresó su "preocupación" por algunas críticas hacia el papel de los Mossos d'Esquadra.
La juez de la Audiencia Nacional que procesa a Trapero y otros cargos de los Mossos d'Esquadra, Carmen Lamela, cree que éste integró una "compleja y heterogénea organización unida por el propósito de lograr la secesión de Cataluña" y que puso asimismo a los Mossos "al servicio de los intereses secesionistas".
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Trapero es acusado asimismo por otros cuerpos policiales de haber propiciado la pasividad de los Mossos d'Esquadra durante la jornada de la consulta.