Esto, según la autoridad mexicana, se debe a que esta planta no ha generado ganancias, mientras que sus deudas bancarias continúan aumentando. Asimismo, indicó que, junto con el dinero invertido por Pemex para la compra de Agronitrogenados, la capitalización de la planta ha generado pérdidas al erario por 578 millones de pesos mexicanos (aproximadamente 26 millones de dólares).
Los recursos del soborno se depositaron en una cuenta con sede en Suiza de, con la cual Lozoya habría pagado 38 millones de pesos por una casa en Lomas de Bezares, en la Ciudad de México. En estos hechos la FGR ha imputado también a la hermana del exfuncionario, Gilda Susana y Alonso Ancira Elizondo, socio y presidente del Consejo de Administración de AHMSA.
En enero de 2017, la Auditoría Superior de la Federación (ASF) determinó que Pemex no cumplió con las disposiciones legales y normativas en la compra de la planta Agronitrogenados. Tras una auditoría financiera, la entidad fiscalizadora concluyó que la empresa del Estado Mexicano no acreditó la elaboración de avalúos, distintos a los del Instituto de Administración y Avalúos de Bienes Nacionales (INDAABIN) que soportaran el precio de compra de este inmueble.
Ante esta situación, Pemex presentó en julio de 2019 una denuncia en la que acusó que los miembros del Consejo de Administración fueron responsables de los daños y perjuicios, causados por la compra de Agronitrogenados.
El 24 de julio, el presidente Andrés Manuel López Obrador explicó que Pemex adquirió esta fábrica como parte de los compromisos realizados por el Gobierno de Enrique Peña Nieto con los partidos de oposición cuando se firmó el Pacto por México, acuerdo que sirvió para impulsar reformas y cambios constitucionales en diversas materias.
Según el actual mandatario, una de las demandas de la oposición implicaba que el Gobierno produjera fertilizantes para entregarlos a los productores rurales de bajos recursos. Pero, a fin de cumplir con esta solicitud, la administración de Peña cerró la compra de una planta chatarra a sobreprecio.