El proceso de independencia de Colombia, que ocupó la segunda década del siglo XIX (1810-1819), se produjo a la par de los de otros países de la región. El continente comenzaba a tener sus primeras repúblicas y a independizarse de la monarquía española.
Fue el histórico libertador Simón Bolívar quien dirigió el 7 de agosto a las fuerzas independentistas en la Batalla de Boyacá, última contienda que dio éxito definitivo a la Campaña Libertadora de Nueva Granada —Colombia se llamaba entonces Reino de Nueva Granada— y llevó a la toma de Santa Fe, capital de Nueva Granada tres días más tarde.
"¿Qué es la República de Colombia? Una masa de más de 3,5 millones de hombres; un territorio de más de 100.000 leguas cuadradas, una posición eminentemente comercial, un mayorazgo inmenso en minas de oro y plata, en los frutos más estimados y en las producciones naturales más preciosas. He aquí un Estado de enorme volumen que no necesita más que presentarse para ser reconocido."
Las expectativas en la nueva República estaban expuestas con entusiasmo: sería el centro del Nuevo Mundo, económica y, especialmente geográficamente. La doble costa con el Océano Atlántico y el Pacífico lo hacían de una posición estratégica para incentivar el comercio, y Zea lo sabía.
Botánico de profesión, Zea creía que la botánica podía llevar a los avances en la agricultura que el país necesitaba para el desarrollo del país. "Francisco logró que los gobiernos extranjeros reconocieran la independencia de la Patria y su potencial económico, a través de notas diplomáticas que muestran su habilidad diplomática, su brillante escritura y su pensamiento", escribió el historiador Constancio Franco en 1880.
Durante sus años como embajador, logró ejecutar una misión científica que se encargó de la investigación, conocimiento y explotación racional de las riquezas del país, que desembocaron en el equilibrio económico que necesitaba Colombia para sostenerse como república independiente.
