Su captura es resultado de una investigación realizada por 10 años, debido a que antes que ser nombrado secretario de la Defensa, Cienfuegos se encontraba bajo la mira de las autoridades norteamericanas por su supuesta relación con los hermanos Alfredo, Héctor y Marcos Arturo Beltrán Leyva, narcotraficantes que fueron socios del Cártel del Sinaloa, según informes publicados por la revista Proceso.
Durante la gestión de Cienfuegos en la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedeña), se registraron varios casos de violaciones a los derechos humanos. Entre ellos, destacó la matanza extrajudicial de 22 personas ocurrida en Tlatlaya, Estado de México, así como diversas denuncias por torturas de parte de militares, pero nunca se le vinculó con actos de narcotráfico.
Sobre el caso Tlatlaya, el general aseveró que las Fuerzas Armadas respondieron a una agresión, por lo cual rechazó que las muertes registradas se debieran a una ejecución extrajudicial. Sin embargo, la Comisión Nacional de los Derechos Humanos emitió una recomendación asegurando que en estos hechos los militares mexicanos habían cometido "violaciones graves".
Anabel Hernández: "Cienfuegos protegió a los Beltrán Leyva"
La periodista Anabel Hernández García destacó que, desde el sexenio de Felipe Calderón, Salvador Cienfuegos ya estaba involucrado en el narcotráfico, pues durante su gestión en de 9ª Región Militar, ubicada en el estado de Guerrero, "los Beltrán Leyva hacían lo que se les daba la gana" en esa zona.
Por último, Hernández consideró que las investigaciones de Estados Unidos contra Cienfuegos podrían llegar hasta el expresidente mexicano Enrique Peña Nieto.
"Enrique Peña Nieto estará preocupado por esto. Cienfuegos está detenido por casos de los Beltrán Leyva y recordamos que Peña fue acusado de recibir sobornos por parte del narcotráfico", comentó.
