Merkel ha sido "la aliada más cercana del presidente durante los ocho años de su presidencia", consigna el texto.
Los líderes se reunirán formalmente este jueves y ofrecerán declaraciones a la prensa.
El presidente de EEUU mantendrá además reuniones con los líderes de Reino Unido, Francia, Italia y España, con quienes, además de con Merkel, conversará sobre la crisis en Europa Oriental y en Oriente Medio, señala el comunicado.
Además examinarán una serie de temas que incluyen la lucha contra Daesh (autoproclamado Estado Islámico), la crisis de los refugiados, la cooperación contra el terrorismo, los próximos pasos en Siria y la situación en Ucrania.
La Casa Blanca informó que Obama, quien realiza su última gira oficial como jefe de Estado, también compartirá con los líderes europeos sus discusiones con el presidente electo, Donald Trump, quien durante la campaña presidencial prometió renegociar los términos del compromiso de EEUU para defender a sus aliados de la Organización del Tratado del Atlántico Norte (OTAN).
Esta es la sexta visita a Alemania de Obama, quien el martes se reunió en Atenas con el primer ministro de Grecia, Alexis Tsipras.