"La votación se desarrolla acorde a las leyes electorales, no se han detectado irregularidades", dijo en rueda de prensa el presidente de la CEC, Mirza-Ulugbek Abdusalomov.
El resultado supera con creces el mínimo del 33% que se requiere para que las elecciones se declaren válidas.
Unos 21,4 millones de uzbekos están llamados a las urnas en unas elecciones que son seguidas por más de medio millar de observadores de 44 países y diferentes organismos internacionales, así como 1.300 periodistas de una veintena de países.
Los colegios electorales seguirán abiertos hasta las 20.00 hora local (15.00 GMT).
Los otros tres pretendientes son el vicepresidente de la Cámara Baja del Parlamento, Sarvar Otamurádov, promovido por el partido Milliy Tiklanish (Renacimiento nacional); Narimón Umárov, líder del partido social-demócrata Adolat (Justicia); y Jotamzhón Ketmónov, presidente del Partido Popular-Demócrata.
El primer presidente Islam Karímov, que estuvo en el poder desde que Uzbekistán proclamó la independencia en 1991, falleció el 2 de septiembre a los 78 años.