La medida, aprobada por el Gobierno de Shinzo Abe a principios de agosto, entró en vigor a la medianoche.
Con la exclusión de Corea del Sur, en la "lista blanca" de Japón quedan 26 naciones.
El Ministerio de Exteriores surcoreano convocó este 28 de agosto al embajador de Japón, Yasumasa Nagamine, para protestar por la decisión de Tokio.
A su llegada a la Cancillería, el diplomático japonés fue recibido por una multitud de periodistas pero evitó responder a sus preguntas, reportó la agencia Yonhap.
A principios de julio, Japón limitó el suministro a Corea del Sur de tres componentes químicos necesarios para la fabricación de semiconductores y equipos electrónicos.
Tokio alega que Seúl no asegura el control pertinente sobre las tecnologías de doble uso.
La cancelación de preferencias recíprocas implica la necesidad de solicitar permiso para adquirir productos y tecnologías de doble uso, trámite que suele prolongarse por mucho tiempo.
El endurecimiento del control de exportaciones afecta más a Corea del Sur que cerró el pasado año con un déficit de 24.100 millones de dólares en el comercio con Japón, correspondiendo un 93% de esta suma al apartado de materiales, componentes y equipos industriales.