"Contrario a como lo interpretaron dichos funcionarios judiciales (los de la Justicia Penal Militar), tal actividad delincuencial de tan extrema gravedad no enseña una extralimitación de poder dentro del marco propiamente militar, destinada, por ejemplo, a lograr la integridad del territorio nacional, sino la deliberada infracción de la ley penal de naturaleza común, ajena al deber institucional", dijo la Corte en su fallo.
En 1993, tres años después de ocurridos los hechos, la Justicia Penal Militar absolvió al teniente coronel Luis Fernando Duque y el teniente Pedro Antonio Fernández por las muertes de los indígenas Ángel María Torres, Luis Napoleón Torres y Antonio Chaparro.
Los tres indígenas fueron detenidos por militares, quienes los torturaron, y sus cuerpos fueron hallados cuatro días después en diferentes poblaciones.
Para la Justicia Penal Militar se trató de un hecho en el marco de las funciones de los dos militares, pero la Corte consideró que el Ejército no tiene entre sus funciones y competencias las de "retener sin orden de autoridad, torturar y acabar con la vida de los ciudadanos colombianos".
Asimismo, indicó que las investigaciones permitieron determinar que los oficiales no realizaron las detenciones como un acto de servicio, por lo que no debieron ser absueltos, y agregó que con esa acción no solo afectaron los derechos de los tres indígenas, sino también los de toda la comunidad que representaban.
Además, agregó que con este actuar los oficiales "causaron impacto negativo hacia los familiares de los occisos, al igual que toda la colectividad aborigen, cuando la Carta Política, garante de la protección y defensa de la dignidad y de los derechos humanos de todos sus habitantes", define al país "como un Estado social y democrático de derecho, pluriétnico y multicultural".
Por estos hechos la Corte Suprema de Justicia declaró el caso de lesa humanidad y recalcó que es deber del Estado garantizar la vida, la honra y los bienes de todos sus ciudadanos, "particularmente, de los miembros de la población menos favorecida, como las comunidades indígenas".
El alto tribunal remitió el caso a la Fiscalía General para que la justicia ordinaria continúe la investigación y dicte medidas penales en contra de los dos oficiales.