La erupción se acompaña con lanzamiento de cenizas volcánicas y varios temblores de baja intensidad.
Según las autoridades, la erupción es freática, causada por el sobrecalentamiento de las aguas subterráneas.
El rotativo reportó que la evacuación fue decretada en un radio de 5 kilómetros alrededor del volcán.
La dirección estatal de aviación AirNav informó el cierre temporal del aeropuerto de Yogyakarta.
"Llamamos a la población local a conservar la calma", declaró Sutopo Purwo Nugroho, portavoz de la agencia nacional de mitigación de desastres.
El Centro Volcanológico de Indonesia (PVMBG) señaló que la situación es "normal" y subrayó que continuará observando la erupción.
Hasta el momento las autoridades no han informado sobre víctimas o daños materiales, pero advirtieron que la erupción podría afectar a la población de las provincias de Yogyakarta y Java Central.
Merapi es el volcán de mayor actividad en Indonesia, las erupciones grandes ocurren con una periodicidad de siete años, las menores, dos veces al año.