El balance anterior fue de 16 fallecidos.
"El número de muertos es de 21 personas, seis personas están críticas, otras 13 se dan por desaparecidas", dijo.
El portavoz comunicó que unas 40.000 personas y 75 helicópteros participan en la operación destinada a paliar las consecuencias del desastre.
Un terremoto de magnitud 6,7 se produjo en la isla de Hokkaido a las 3.08 hora local (18.08 GMT).
Además de perturbar el servicio ferroviario y aéreo, el temblor provocó cortes en el suministro de energía eléctrica a unos tres millones de hogares y a la central nuclear de Tomari.
Foto: El devastador terremoto que ha puesto a prueba a Japón