"Este es un momento tan importante para nuestra ciudad; hoy estamos haciendo una declaración de lo que valoramos en la ciudad de Nueva York", dijo el alcalde Bill de Blasio.
El alcalde y su esposa Charlene McCray ayudaron a pintar las letras entre las calles 56t y 57 del lado este de la ciudad.
El líder y activista de derechos civiles Al Sharpton también participó en la campaña.
Trump dijo que la pintura Black Lives Matterdenigraría la lujosa Quinta Avenida de Nueva York y crearía aún más resentimiento contra el departamento de policía de la ciudad.
"Déjenme decirles que no estamos denigrando nada, estamos liberando la Quinta Avenida, estamos elevando la Quinta Avenida", dijo Blasio.
Otras ciudades de EEUU también han pintado murales de Black Lives Matter tras la muerte del hombre afroamericano George Floyd bajo custodia policial en Minneapolis, Minnesota, el 25 de mayo.