"La decisión es un gran obstáculo para el logro de la solución de dos estados y una paz justa, duradera y completa en Oriente Medio", dijo Guterres en un comunicado.
La aprobación de la Administración Civil israelí se produjo días antes de la toma de posesión del presidente electo de Estados Unidos, Joe Biden.
"El establecimiento por parte de Israel de asentamientos en el territorio palestino ocupado desde 1967, incluida Jerusalén Oriental, no tiene validez legal y constituye una violación flagrante del derecho internacional", declaró Guterres.
Según el secretario general, "la expansión de los asentamientos erosiona aún más la posibilidad de poner fin a la ocupación y establecer un Estado palestino soberano contiguo y viable, sobre la base de las líneas anteriores a 1967".
La acción ha sido previamente condenada por la Unión Europea, el Reino Unido, miembros de la oposición israelí y el organismo de control de izquierda Paz Ahora, entre otros.
El primer ministro israelí, Benjamín Netanyahu, ordenó la aprobación de los proyectos de construcción la semana pasada. Incluyen 100 casas en Tal Menashe, un asentamiento donde una mujer israelí, Esther Horgen, fue asesinada el mes pasado en un ataque palestino.
"Estamos aquí para quedarnos. ¡Seguimos construyendo la Tierra de Israel!", escribió Netanyahu en Facebook entonces.
La Administración estadounidense anterior, junto con la mayor parte de la comunidad internacional, se opusieron a la construcción de asentamientos.
Pero el presidente saliente Donald Trump adoptó un enfoque diferente. Su administración no criticó los anuncios de asentamientos israelíes y dijo que los asentamientos no son ilegales según el derecho internacional.