La querella llega después de que Hacienda solicitase investigar los fondos públicos que se usaron para preparar esta consulta que fue suspendida previamente por el Tribunal Constitucional y por tanto no podía realizarse legalmente.
Según el escrito, en el Gobierno de Puigdemont había una "voluntad directa y conscientemente decidida" de emplear medios y recursos públicos "para un fin manifiestamente ilegal".
La Fiscalía acusa a Puigdemont de responsabilidad "contable".
El Tribunal Supremo ya condenó al expresidente catalán Artur Mas a pagar 4,9 millones de euros por la consulta del 9 de noviembre de 2014.
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Si el Tribunal de Cuentas admite ahora esta querella, Puigdemont y su Gobierno podrían enfrentarse a un "expediente de responsabilidad contable" similar al de Artur Mas.